Į Konstitucinį Teismą kreipėsi Vilniaus apygardos administracinis teismas, prašydamas ištirti, ar Vyriausybės 2016 m. rugsėjo 15 d. pasitarimo protokole įrašytas sprendimas „Dėl Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus veiklos ataskaitos“ ir su juo susijęs rugsėjo 28 d. nutarimas „Dėl J. Miliaus atleidimo iš Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus pareigų“ neprieštarauja Konstitucijai ir Vyriausybės įstatymui.

Pareiškėjo prašyme nurodoma, kad Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktoriaus veiklos ataskaita buvo svarstyta Vyriausybės pasitarime ir protokole įrašytu sprendimu jai nepritarta. Pareiškėjo teigimu, šis sprendimas buvo priimtas nesant Vyriausybės narių kvorumo: dalyvavo Ministras Pirmininkas ir šeši ministrai, nors Vyriausybę sudaro Ministras Pirmininkas ir keturiolika ministrų. Pareiškėjas pažymi, kad šis Vyriausybės pasitarimo protokole įrašytas sprendimas buvo pagrindas jai priimti 2016 m. rugsėjo 28 d. nutarimą, kuriuo J. Milius buvo atleistas iš pareigų.

J. Milius, Vyriausybės sprendimu, iš pareigų atleistas 2016 m. nuo spalio 5 d.

Vilniaus apygardos administracinis teismas suabejojo Vyriausybės sprendimu iš pareigų atleisti Valstybinės maisto ir veterinarijos tarnybos direktorių J. Milių ir prašo Konstitucinio Teismo išaiškinti, ar Ministrų Kabineto sprendimas yra teisėtas. Teisėjui abejonių sukėlė tiek Vyriausybės sprendimas nepritarti J. Miliaus veiklos ataskaitai, tiek ir sprendimas jį atleisti.

Paties J. Miliaus teigimu, jo atleidimą lėmė politiniai motyvai, o Vyriausybė jo ataskaitos realiai nenagrinėjo, svarstymo metu pasitarime nebuvo visų Vyriausybės narių.

J. Milius 2016 m. vasarą sulaukė tyrimų dėl galimo piktnaudžiavo tarnyba ir dokumentų klastojimo. Įtarta, kad buvęs tarnybos vadovas, veikiamas Seimo nario Petro Gražulio, siekė nuslėpti įmonėje „Judex“ rastus sanitarinius pažeidimus. Taip pat buvo susidomėta J. Miliaus dalyvavimu medžioklėje ir vakarienėje kartu su tuomete žemės ūkio ministre Virginija Baltraitiene, Latvijos žemės ūkio ministru Janiu Duklavu ir privačiais verslininkais.